دانشگاه اردکان با موافقت شورای گسترش آموزش عالی در جلسه مورخ 1388/03/09 با عنوان مرکز آموزش عالی اردکان تأسیس و در نیمسال اول سال تحصیلی 89-1388 با پذیرش دانشجو در دو رشته روان‌شناسی عمومی و راهنمایی و مشاوره در مقطع کارشناسی رسماً آغاز به کار نمود. سپس در تاریخ 1389/10/18 بر اساس مصوبه شورای گسترش با ادغام دانشکده منابع طبیعی دانشگاه یزد در مرکز آموزش عالی اردکان، این مرکز به مجتمع آموزش عالی اردکان ارتقاء یافت و در نهایت در جلسه 1391/12/12 شورای گسترش آموزش عالی به دانشگاه اردکان ارتقاء یافت. در حال حاضر حدود 2500 دانشجو در مقاطع کاردانی، کارشناسی ناپیوسته، کارشناسی و کارشناسی ارشد در دانشکده‌های زیر مشغول به تحصیل می‌باشند: